De par la diversité de ses habitats (milieux forestiers, humides, ouverts…), le territoire des Maures possède une richesse floristique remarquable. L'action humaine est à la fois bénéfique notamment dans le cadre de pratiques agricoles traditionnelles (pastoralisme, castanéiculture...) permettant la conservation de nombreuses espèces patrimoniales, mais également nuisible (urbanisation diffuse, pollutions diverses du milieu naturel...). Il faut veiller à limiter au maximum ces pratiques impactantes afin de garantir la préservation des espèces remarquables présentes sur le territoire. Quelques unes parmi les nombreuses qu'habritent les sites de la plaine et du massif des Maures sont présentées ci-dessous par habitat d'espèces.
Communautés amphibies méditerranéennes
L’habitat prioritaire de mares et ruisseaux temporaires méditerranéens représente un intérêt écologique majeur puisqu’il héberge les espèces patrimoniales suivantes : Isoètes de Durieu (Isoetes 
duriei), Spiranthe d'été (Spiranthes aestivalis), Renoncule de Revelière (Ranunculus revelieri), Ophioglosse du Portugal (Ophioglossum lusitanicum), Cicendie filiforme (Cicendia filiformis)...
Un autre habitat communautaire, les pelouses mésophiles à Sérapias, abrite également un cortège d’espèces patrimoniales : Sérapias négligé (Serapias neglecta), Sérapias d'Hyères (Serapias olbia), Linaire grecque (Kickxia commutata), Ail petit Moly (Allium chamaemoly), Romulée de Colomna (Romulea columnae)...
Oueds à Laurier rose
Ils abritent les très rares et menacés : Nérion laurier-rose (Nerium oleander) et Gattilier ou Poivre sauvage (Vitex agnus-castus).
Châtaigneraies
Façonnées par l'Homme, elles sont très riches en espèces herbacées lorsqu'elles sont entretenues de façon traditionnelle : Vesce noirâtre (Vicia melanops), Vesce plaisante (Vicia laeta), Doronic à feuilles de plantain (Doronicum plantagineum), Maceron perfolié (Smyrnium perfoliatum), Tulipe des bois (Tulipa sylvestris), Laîche appauvrie (Carex depauperata). Le maintien de la castanéiculture traditionnelle est donc essentiel pour garantir la conservation de ces espèces.
Milieux rupicoles
On y trouve notamment deux ptéridophytes inféodées aux rochers : Cheilanthès de Maranta (Paragymnopteris marantae) et Doradille septentrionale (Asplenium septentrionale).
Sous-bois humides à aulnes et tilleuls des vallons frais
Une grande fougère, l'Osmonde royale (Osmunda regalis), assez rare en France, est ici bien représentée avec plus d’une trentaine de stations recensées. Associés à cette espèce, on trouve d’autres ptéridophytes remarquables tels que le Polystic à frondes soyeuses (Polystichum setiferum), le Scolopendre officinale (Phyllitis scolopendrium) et le très rare Blechnum en épi (Blechnum spicant).
Suberaies thermophiles
On y trouve des espèces patrimoniales caractéristiques telles que le Genêt à feuilles de lin (Genista linifolia) dans les suberaies très thermophiles ou l'Adénocarpe de Toulon (Adenocarpus telonensis) aux abords des crêtes relativement xérophiles.
Rochers littoraux
Situés sur la partie littorale du site au niveau de Saint-Aygulf, ils hébergent le cortège classique des espèces halophytes dont la rare et très menacée Barbe de Jupiter (Anthyllis barba-jovis).
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Espèces végétales patrimoniales de la plaine et du massif des Maures